Pangeran Sri Mangana Cakrabuana, putra Prabu Siliwangi dari Kerajaan Padjajaran Bogor, tercatat sebagai pendiri Keraton Pakungwati sekitar tahun 1480 M. Kedudukannya sebagai putra mahkota dan tumenggung di Cirebon tak membuatnya ragu untuk memisahkan diri dari Kerajaan Padjajaran.
Keputusan tersebut diambil agar beliau lebih leluasa mengembangkan agama Islam dan sekaligus terbebas dari pengaruh agama Hindu, agama resmi Kerajaan Padjajaran.
Nama Pakungwati diambil dari nama Ratu Ayu Pakungwati, puteri Pangeran Cakrabuana sendiri. Kelak, Ratu Ayu Pakungwati menikah dengan Syarif Hidayatullah, atau yang lebih populer dengan nama Sunan Gunung Djati.
Setelah Pangeran Cakrabuana mangkat, Sunan Gunung Djati naik tahta pada tahun 1483 M. Selain sebagai seorang pemimpin yang disegani, Sunan Gunung Djati juga dikenal sebagai seorang ulama terkemuka di Cirebon.Pada tahun 1568 M Sunan Gunung Djati wafat.
Kemudian, posisinya digantikan oleh cucunya, Pangeran Emas yang bergelar Panembahan Ratu. Pada masa Pangeran Emas inilah dibangun keraton baru di sebelah barat Dalem Agung yang diberi nama Keraton Pakungwati.
Sejak tahun 1697 M, Keraton Pakungwati lebih dikenal dengan nama Keraton Kasepuhan dan sultannya bergelar Sultan Sepuh Pada tahun 1988, untuk menjaga dan melindungi keaslian keraton, terutama koleksi benda-benda kuno peninggalan Kesultanan Cirebon, dua ruangan yang berada di bagian depan Keraton Kasepuhan dijadikan museum yang dapat dikunjungi oleh masyarakat luas.
